肩こりには、何らかの病気により引き起こされるもののほかに、原因がはっきりとはわからないものがあります。実際には原因がわからないもののほうが多く、不良な姿勢、運動不足、過労、寒冷、肉体的・精神的なストレス、自律神経の乱れなどが重なり、肩周辺の筋肉の緊張と血流不足によって起こると考えられています。以下に、いくつかの指摘を致します。

同じ姿勢でのデスクワーク

同じ姿勢で長時間パソコンなどに向かっていることで、肩甲骨や肩関節の動きが損なわれ、僧帽筋などの筋肉に緊張が続き、肩こりの症状があらわれます。さらに姿勢不良が加わると、神経が圧迫される状態が続き、肩こりが進みます。

眼精疲労

パソコン、スマートフォン、タブレットなどの長時間使用による目の酷使や、メガネの度が合っていない、ブルーライトや紫外線の影響、ストレスや睡眠不足による自律神経の乱れなどは目を疲労させる要因になります。そして、これが続くと慢性的な目の疲労が定着し、目の症状だけでなく、肩こりも含めた全身の疲れを伴う眼精疲労を引き起こすことがあります。

運動不足による筋肉疲労と血行不良

日頃から体を動かしていない人は、筋肉が普段使われないので、筋肉の緊張や疲労が起こりやすくなります。運動不足は血行不良を招くので、これもまた肩こりの原因になります。加えていえば、体を動かさなくても一定の姿勢を維持するためには筋肉を緊張させる必要があり、運動不足は肩こりの大敵といえそうです。

ストレスによる緊張

肉体的または精神的なストレスを受けると、筋肉を緊張させる自律神経（交感神経系）の働きが活発になります。そのため、肩周辺の筋肉が緊張し肩こりが起こります。ストレスが一時的なものであれば回復しますが、連日ストレスにさらされると筋肉の過剰な緊張が続き、肩こりが慢性化することがあります。
肩こりの慢性化は、慢性的な疲労につながります。通常の疲労は休息や睡眠で解消できますが、精神的なストレスが重なると休息や睡眠も不完全なものとなります。疲労が慢性化するように、肩こりもまた慢性化することがあります。

寒さによる肩の筋肉の緊張、自律神経の乱れ

寒い場所や冷房の効いた部屋で長く過ごしていると筋肉が緊張します。さらに、寒さは自律神経の乱れも引き起こし血行も悪くなり、筋肉の緊張が強まり、これらが負のスパイラルとなり、肩こりの原因となります。